截止2014年12月,海洋三所有在職職工400余人,其中,中國工程院院士1人,入選國家“百千萬人才工程”3人,入選福建省“百千萬人才工程”2人,享受政府特殊津貼專家6人、廈門市拔尖人才2人,副高級職稱以上科技人員152人,具有碩士、博士學位人員317人(約占總職工人數的72%),是國務院學位委員會批準的碩士學位授予單位,并建有博士后科研工作站,先后與美、德、法、日等30多個國家和我國臺灣、香港等地區的有關機構建立了交流與合作關系。出版中國自然科學核心期刊《應用海洋學學報》Journal of Applied Oceanography(季刊)。